A Game Boy Advance más patronnyílással rendelkezik, és más processzort használ, mint az eredeti Game Boy. Bár van néhány kivétel (például a Game Boy Color, amely kompatibilis a Game Boy Advance-szal), A Game Boy játékok nem kompatibilisek a Game Boy Advance-szal.
Azonban játszhat Game Boy és Game Boy Color játékokat a Game Boy Advance SP játékkal. Game Boy Player használatával kiegészítő a Nintendo GameCube-hoz.